采用生物法处理高盐废水时由于盐的不变化可能引起微生物代谢途径的改变，一般，微生物菌种有一个适应期，需耐受一定的盐浓度后方可正常起作用。
在高盐驯化过程中，一方面活性污泥微生物生态系统进行选择，筛选出能够适应高盐的微生物，使自身的酶系统适应环境，由于耐盐菌能够忍耐高的盐度，且多数为异养型菌，自身不具备合成能力，因而营养需求也增加。
在高盐条件下，一方面一些不适应高盐环境的菌种迅速死亡溶解，使污水中的营养物质充足；另一方面，生活污水本身具有十分丰富的营养，所以能满足耐盐菌对营养的需求。在营养充足的条件下，耐盐菌生长和繁殖很快，成为高盐条件下的优势菌种。由此可见，活性污泥的驯化过程就是代谢方式逐步适应高盐环境并使耐盐菌大量繁殖的过程。但这需要一定的时间，急剧地变化盐浓度或驯化时间过短都会使细菌受到抑制。因此把握盐浓度的变化程度和驯化时间非常重要。
同时温度也是影响微生物菌种生存的的重要因素，工业废水中所采用的微生物大多数为中温性菌种，合适的温度在30℃左右，温度太低，活性污泥活性不高，温度过高，生物的蛋白质和酶凝固，活性污泥会停止作用或死亡。
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