微生物处理技术是指微生物将污水中的有机污染物作为自身的营养源，利用自身的代谢过程将污水中的污染物进行分解、转化，将有机污染物转化为结构稳定、无毒性或低毒性的无机物。传统的生物处理技术主要有活性污泥法SBR 法、氧化沟法、A2/O 法、AB法等衍生技术，能将物理、化学处理技术所不能处理的污染物转化完全，从而达到所需要的净化度，具有转化效率高、净化效果好等特点。但传统生物处理技术仍存在占地面积大、运行成本高、维护难度大、限制条件多等缺点。因此，探索和发展更为先进的生物处理技术十分必要。
污水处理中微生物的应用因其操作难度低、处理效果好、绿色安全、无二次污染等特点被广泛应用。微生物处理技术对水体的净化能力、对环境的适应性、对水体的抗冲击能力都具有一定的效果，增加微生物制剂的种类并严格控制微生物生长代谢过程中可能导致的环境危害，让微生物处理技术更好地服务于污水处理过程，在污水处理的过程中发挥出更大的作用。
微生物菌种用于污水氨氮、总氮、COD的去除，具有较好的效果，在经最佳培养后在处理处理屠宰场废水和印染废水这类废水时还具有脱色效果，阿拉丁环保HE-M系类菌种对于COD去除率可达96%以上。在一般的养殖业废水中，使用微生物菌种处理后TN去除率可达98%。印染废水成分复杂，含大量有机污染物和可溶性色素，且污水中COD含量高。微生物菌种可对印染废水进行有效脱色。
在当下污水处理中，微生物技术发占据了重要地位，越来越多的企业尝试采用微生物菌种处理废水中的污染物，而在近年来，固态微生物系统、CASS、膜分离法等技术和处理方法不断发展壮大，使得微生物在污水处理中的技术愈加成熟，因此采用微生物技术处理水环境是不错的选择。
