异养微生物通常需要较高浓度的有机碳用于氨的转化，充足的碳源为微生物的生长提供能量，也为反硝化作用提供必需的电子供体，大部分异养-好氧反硝化菌都能以乙酸盐、柠檬酸盐、琥珀酸盐等小分子有机物为碳源，部分菌也能利用葡萄糖，但异养-好氧反硝化菌难以利用高分子碳源，如淀粉、蔗糖等。
异养-好氧反硝化菌进行氮降解的最适碳氮比通常在 10左右；温度对该细菌作用有明显的影响， 一定范围内，温度越高，微生物生长和氮消除能力都显著提高。
有研究人员发现硝化和反硝化速率随着温度每增加 10、4 ℃而分别加倍。该细菌主要在中温条件下进行，最适温度范围为 28~37 ℃。
为了满足不同温度条件下的氨氮降解，研究者在极端环境中分离出一些耐高温或耐低温的优势菌。在低温条件下，微生物生长缓慢，氨氧化菌活性受到抑制，导致脱氮系统失效。最近几年研究者分离到一些能在低温下较好地生长并利用氨的异养-好氧反硝化菌。这些耐低温的优势菌可用于寒冷季节或地区的氨氮废水降解。溶解氧是同时硝化反硝化过程中的主要控制参数。一般当DO高于或低于某个临界值时，异养硝化活性都会受到抑制。
异养-好氧反硝化菌适应的pH范围一般为中性或偏碱性， 当pH＜5或>10，异养-好氧反硝化菌不具有生长活性。
另外，在一些特殊细菌中发现盐度对异养-好氧反硝化菌作用也有一定影响。在异养硝化作用中不需要添加额外的 ＮaCl，而在好氧反硝化过程中需要的ＮaCl为10ｍg/L。大多数异养-好氧反硝化菌的最适盐质量分数低于 4%，高盐度会造成细胞质壁分离，使微生物丧失活性。
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